Výdaje na výzkum a vývoj, jejich rozsah a uplatnění jako odpočet na podporu výzkumu a vývoje podle zákona o daních z příjmů patří u odborné veřejnosti mezi dlouhodobě probíraná témata, která často přináší názorový střet mezi daňovými poradci a finanční správou. Snad největší debaty vyvolávala otázka uplatnění náhrad mezd za dovolenou ve výdajích vynaložených na výzkum a vývoj s možností uplatnění formou odčitatelné položky.
Touto otázkou se v minulosti zabýval i koordinační výbor. Projednání příspěvku skončilo s rozporem, názor státní správy byl, že náhrady za dovolenou do odčitatelné položky nepatří. Jasnou odpověď na subsumpci náhrad za dovolenou pracovníka, který se plně věnuje řešení projektu, jako součást odpočtu na podporu výzkumu a vývoje přináší rozsudek Nejvyššího správního soudu 1 Afs 429/ 2018 – 41.
V rámci daňové kontroly správcem daně byla daňovému subjektu doměřena daň z titulu nesprávného posouzení uplatnění náhrady mezd za dovolenou jako výdajů vynaložených na výzkum a vývoj. Správce daně argument, že zaměstnanec se čerpáním dovolené také podílel na realizaci projektu, považoval za absurdní. Nejvyšší správní soud tento postoj správce daně odmítl s odkazem na jedno ze základních práv Evropské unie o nároku na placenou dovolenou. „Je-li s ohledem na odpracované hodiny na výzkumných a vývojových pracích zřejmé, že dle zákoníku práce vzniká i nárok na dovolenou, není racionálního důvodu tento výdaj nepovažovat za výdaj související s realizací projektu výzkumu a vývoje. Jde o náklad stanovený zákonem za práci, nikoliv za ‚nepřítomnost v práci‘ či ‚zotavování se‘. Fakticky nejde o nic jiného než rozložení úhrady ceny práce v čase a tato náhrada mzdy představuje povinný náklad práce.“
Na základě výše uvedených argumentů soud dospěl k právnímu závěru, že „náhrada mzdy za dovolenou patří mezi osobní náklady, a je tudíž odčitatelnou položkou na podporu výzkumu a vývoje upravenou v § 34 zákona o daních z příjmů, ovšem jen v části odpovídající prokázanému a odděleně evidovanému poměru běžných pracovních činností a činností prováděných při realizaci projektu výzkumu a vývoje.“
